Die Geschäftsführung des Instituts obliegt dem jeweils für zwei Jahre aus dem Kreis der Fachgebietsleitungen gewählten geschäftsführenden Direktor bzw. der geschäftsführenden Direktorin. Die Geschäftsführung vertritt die Belange des Instituts nach außen (auf Fachbereichsebene, TU-weit oder extern) und wird hierbei unterstützt von der Geschäftsführungsassistenz.